Protein Data Bank

Protein Data Bank, PDB - банк даних 3-D структур білків і нуклеїнових кислот. Інформація, отримана методами рентгенівської кристалографії або ЯМР-спектроскопії, вноситься до бази даних біологами і биохимиками з усього світу, і доступна безкоштовно через інтернет.

PDB є один з найважливіших ресурсів для вчених, що працюють в області структурної біології. Більшість наукових журналів і деякі фонди фінансування досліджень, наприклад, NIH в США вимагають від авторів статей та одержувачів грантів, щоб всі структурні дані були розміщені в PDB. Protein Data Bank містить, в основному, первинні дані про структуру біологічних молекул, в той час як існують сотні інших банків даних, категоризує первинні дані або виявляють закономірності між будовою молекул і еволюційним спорідненістю. [1]


1. Історія

Protein Data Bank був створений звичайними вченими. [1] У 1971, Уолтер Хемілтон ( англ. Walter Hamilton ) В Національній лабораторії Брукхавена ( англ. Brookhaven National Laboratory )) Створив банк даних для Брукхавена. Після смерті Хемілтона в 1973, PDB керував Том Кецтл ( англ. Tom Koeztle ). У січні 1994 главою Protein Data Bank став Джол Суссман ( англ. Joel Sussman ).

У жовтні 1998 [2] Protein Data Bank був перенесений у Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB); перенесення інформації був закінчений у червні 1999. Новим директором стала Хелен Берман ( англ. Helen M. Berman ) З Університету Рутгерса. [3] У 2003, після утворення wwPDB ( англ. Worldwide Protein Data Bank ), Protein Data Bank став міжнародною організацією. Крім RCSB, засновниками wwPDB є Protein Data Bank in Europe (PDBe), Protein Data Bank in Japan (PDBj) і Bilogical Margnetic Resonance Bank (BMRB).


2. База даних

База даних Protein Data Bank оновлюється щотижня (в 0:00 годин по всесвітнім координованим часом, UTC, по середах). Станом на 31 січня 2012, база даних містить:

Метод
дослідження
Білки Нуклеїнові кислоти Комплекси білків
і нуклеїнових кислот
Інше Всього
Дифракція рентгенівських променів 64591 1337 3187 2 69117
ЯМР 8108 966 186 7 9267
Електронна мікроскопія 277 22 101 0 400
Змішаний 42 3 2 1 48
Інше 138 4 5 13 160
Всього: 73156 2332 3481 23 78992
58512 структури в PDB містять файл зі структурним фактором
6572 структур мають файл ЯМР з геометричними обмеженнями
343 структури мають файл ЯМР, що містить експериментально певні хімічні зсуви

Переважна частина структур отримана за допомогою методу диффракции рентгенівських променів, близько 15% - за допомогою ЯМР білків, і лише мала частина - за допомогою кріо-електронної мікроскопії.

Деякий час кількість структур в PDB росло експоненціально, але з 2007 року, приріст трохи пригасити.


Кожна структура, опублікована в PDB отримує чотиризначний ідентифікатор (комбінація цифр і букв латинського алфавіту). Даний шифр не може служити ідентифікатором біомолекул, так як часто різні структури однієї і тієї ж молекули, наприклад, в різній середовищі, можуть мати різні PDB ID.


3. Програмне забезпечення

Структури можуть бути переглянуті за допомогою декількох комп'ютерних програм (як безкоштовних і поширюються по ліцензії open source, так і платних, поширюються не з відкритим кодом) і плагінів до веб-браузерам. [4]

  • Програма QuteMol дозволяє відкривати і переглядати файли з розширенням *. pdb та *. vdb

Примітки

  1. 1 2 Berman, HM (January 2008). " The Protein Data Bank: a historical perspective ". Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography A64 (1): 88-95. DOI : 10.1107/S0108767307035623.
  2. Berman, HM; et al. (January 2000). " The Protein Data Bank ". Nucleic Acids Res. 28 (1): 235-242. DOI : 10.1093/nar/28.1.235. PMID 10592235.
  3. RCSB PDB Newsletter Archive. RCSB Protein Data Bank. Статичний з першоджерела 13 квітня 2012.
  4. см. en: Category: Molecular_modelling_software

5. Зовнішні посилання